日々の業務の中でマニュアルを見ながら作業することは、まずあり得ません。
なので、初めてマニュアルを作成する場合には「ゼロから」の作業になりますが、
材料（資料）になるものは、どこにあるのでしょうか？

社長や店長の頭の中にあって、取り出すことが難しいこともあるかもしれませんが、
店内や事務所の掲示物、連絡ノートなどはないでしょうか？
仕事をしている周りを観察すると、材料がきっとたくさんあるはずです。
それらの材料は「頭の中にあるマニュアル」を引き出す時の助けになることも多いのです。

目次に該当することから
マニュアルの資料といっても、業務（オペレーション）に関わることですから、
例えば一日の業務をイメージして、書いてあるものがあればコピーを取り、作業しているところを写真や動画で撮ることで材料がそろっていきます。

何から集めたらよいかが分からなければ、既に作成した目次の順番に資料になるものを片っ端から集めてください。
数年前までは写真はデジタルカメラで、動画はビデオカメラで撮らないといけませんでした。
最近はスマートフォンでも写真や動画の撮影、スキャニング（プリントアウトをPDFなどのデジタルデータに変換すること）も可能になり、手軽になっています。

面倒がらずに材料を集める
マニュアルの材料（資料）集めは意外と骨が折れます。
作業手順やルールは、覚えていて、自然とカラダが動くことが「当たり前」です。
当たり前のことが出来る人たちが始めた仕事は、仕事を教えるときもマニュアルは必要ないですから、マニュアルがないのが当然とも言えます。

面倒と思わずに、丁寧に材料集めをしてみてください。